Powikłania związane z operacją to powikłania znieczulenia oraz związane z samym zabiegiem: krwawienie lub zakażenie skóry, głębsze zakażenie tkanek lub zakażenie z zajęciem siatki. Brak poruszania się po operacji pacjenta lub też długie unieruchomienie mogą spowodować wystąpienie skrzepów krwi w żyłach kończyn dolnych lub w żyłach miednicy. Te powikłania są rzadkie po operacjach przepukliny, gdyż unieruchomienie po tej operacji jest krótkie. Powszechnie praktykowane jest podawanie antybiotyków, które zmniejszają ryzyko zakażenia rany. Gdy przepuklina pępkowa jest duża a w worku przepuklinowym są pozrastane jelita – przy ich preparowaniu powstaje ryzyko uszkodzenia ściany jelita. Uszkodzenie takie wymaga zeszycia chirurgicznego i oczyszczenia rany z treści jelitowej. Wydostanie się treści jelitowej do rany zwiększa częstość ropienia ran. Ostatecznie, każde z powikłań opisanych powyżej może prowadzić do najpoważniejszych konsekwencji łącznie ze śmiercią. Śmierć chorego w następstwie planowej operacji przepukliny jest jednak zdarzeniem niezwykle rzadkim. O wiele wyższe jest ryzyko przy leczeniu chorych z uwięźniętą przepukliną pępkowa. Gdy operacja musi być wykonana w trybie pilnym (a uwięźnięcie tego wymaga) powikłań jest o wiele więcej, w tym ciężkich, zagrażających życiu.
